Obszar jest fragmentem Kotliny Orawsko-Nowotarskiej zbudowanej ze skał fliszu karpackiego przykrytych żwirami, piaskami i iłami czwartorzędowymi, o grubości do 1300 m. Obejmuje jeden z największych w Polsce południowej, cenny kompleks torfowisk wysokich typu bałtyckiego i borów sosnowo – świerkowych. W najlepiej zachowanych fragmentach (m.in. w północnej części Puścizny Wielkiej) torfowiska mają wyraźnie zaznaczoną strukturę kępkowo-dolinkową. Na okrajki torfowisk wkraczają już gatunki łąkowe. Obszar poprzecinany jest licznymi potokami, fragmenty obszaru odwadniane są rowami melioracyjnymi. Wzdłuż potoków utrzymują się łąki ostrożeniowe, a gdzieniegdzie młaki. W skład obszaru wchodzi także fragment koryta Czarnego Dunajca o naturalnym charakterze. Związana z nim roślinność rzek górskich to zwłaszcza zarośla wierzbowe i wrześniowe na kamieńcach. Pozostała część terenu zajęta jest przez łąki kośne, głównie mieczykowo-mietlicowe, z których część nie jest użytkowana. Południową część obszaru pokrywają bory bagienne.
Specyficzne, skrajne warunki środowiska powodują, iż ostoja jest obszarem bytowania borealnych gatunków roślin i zwierząt. Stwierdzono tu występowanie 12 rodzajów siedlisk z Załącznika I Dyrektywy Siedliskowej i 12 gatunków z załącznika II tej Dyrektywy. W obrębie obszaru znajduje się jedno, z zaledwie 3 stanowisk Coenagrion ornatum, potwierdzonych w ostatnich latach w Polsce (dane z 2001 r.). Występuje tu wiele rzadkich, zagrożonych i chronionych gatunków roślin naczyniowych.
Obszar ważny dla ochrony bioróżnorodności: w ciekach, na terenie torfowisk występują rasy (podgatunki) ryb uznane za specyficzne dla tych wód. Są to: płoć karpacka Rutilus rutilus carpathorossicus, kiełb dunajski Gobio gobio obtusirostris i certa Vimba vimba carinata. Jest to także jedyne znane miejsce występowania czerwca Ericcocus podhalensis. Występuje tu także jedna z 3 najliczniejszych w Polsce populacji szlaczkonia torfowiskowego Colias palaeno; ma tu swoje stanowiska także kilka innych, zagrożonych w skali kraju gatunków bezkręgowców.
Obszar ma również duże znaczenie dla ochrony ptaków, zwłaszcza cietrzewia.

Dane zaktualizowano w 2009 r.

Obszar jest łatwo dostępny samochodem. Można tam dojechać drogą Rabka – Chochołów do miejscowości Czarny Dunajec i dalej drogami lokalnymi do wybranych fragmentów ostoi.
Turystyka ekologiczna: O atrakcyjności ostoi stanowią jej walory przyrodnicze.
Turystyka kwalifikowana: piesza, rowerowa, konna.
Turystyka międzynarodowa: W Chochołowie znajduje się międzynarodowe przejście graniczne ze Słowacją.
Turystyka krajoznawcza: We wsi Czarny Dunajec wyróżnia się murowany kościół pod
wezwaniem Przenajświętszej Trójcy zbudowany pod koniec XVIII w. oraz zabytkowe, drewniane domy. Również zachowana zabudowa wsi Chochołów jest przykładem architektury podhalańskiej z XVIII - XIX w. Drewniane domy bogato zdobione, kapliczki, krzyże i figury. Jest to żywy skansen budownictwa regionalnego. W najstarszej chałupie z 1798 r. znajduje się Muzeum Powstania Chochołowskiego.
Turyści korzystają z różnorodnej bazy noclegowej.

Do najpoważniejszych zagrożeń należą:

• melioracje,
• obniżanie poziomu wód gruntowych w wyniku eksploatacji żwiru i torfu
• wywożenie nieczystości, ścieków i odpadów z gospodarstw,
• kłusownictwo,
• ewentualna zabudowa terenu.