Obszar leży na Warmii, w południowej części Niziny Staropruskiej. Teren ostoi pokrywają głównie lasy, łąki, pastwiska i grunty orne. Podstawowym celem, dla którego została utworzona ostoja jest ochrona bociana białego. Jest to gatunek cenny dla ochrony bioróżnorodności w Europie. W Polsce przystępuje do lęgów największa liczba bocianów spośród wszystkich krajów europejskich. W okresie lęgowym ostoję zasiedla około 2% populacji krajowej bociana. Miejscem żerowania bocianów są liczne tu wilgotne łąki i pastwiska oraz odłogi powstałe po rozpadzie Państwowych Gospodarstw Rolnych. W większości wsi na terenie ostoi gnieździ się co najmniej jedna para bocianów. Są jednak wsie, gdzie jest po 10, 20, 30 a nawet 40 gniazd bocianich. Zdarza się również, że we wsiach mieszka więcej bocianów, niż ludzi m.in. w Żywkowie. Występują tu również inni cenni przedstawiciele awifauny m.in. orlik krzykliwy, derkacz i żuraw.
Obszar jest położony w północnej części woj. warmińsko-mazurskiego i ciągnie się pasem długości ok. 115 km i szerokości 10-20 km wzdłuż granicy państwowej z obwodem kalinigradzkim Federacji Rosyjskiej. Na wschodzie obszar sięga jeziora Oświn, na zachodzie zaś - doliny niewielkiej rzeki Gołubej, dopływu Banówki. Środkowa i wschodnia część obszaru leży na Nizinie Staropruskiej, obejmując w całości dwa mezoregiony: Równinę Sępopolską i Wzniesienia Górowskie. Ponad połowa obszaru jest położona na Równinie Sępopolskiej. Równina ta to rodzaj rozległej, bezjeziernej i w znacznej części wylesionej niecki. Deniwelacje pomiędzy jej centralną częścią a brzegami wynosi 40-50m. Przez środek Równiny Sepopolskiej płynie Łyna, która w rejonie granicy państwowej rozlewa się w wydłużone jezioro zaporowe. Inne ważniejsze cieki przecinające Równinę Sepopolską w granicach ostoi to Kanał Mazurski oraz dopływy Łyny: Omęt, Guber i Elma. Jedyne większe jeziora naturalne na terenie ostoi to Jez. Kinkajmskie i Jez. Arklickie. Poza tym występuje tu kilkadziesiąt niewielkich jezior o powierzchni większej od 1 ha a także stawy rybne.Charakterystyczną cechą tego mezoregionu jest występowanie tłustych, czerwonych iłów w niższych partiach terenu. Tereny wyżej położone i niewielkie wzniesienia zbudowane są z gliny zwałowej. Charakterystycznymi glebami w tej części kraju są stanowiące 68% bielice. Gleby brunatne obejmują 17%, a bagienne 9%. Pozostałą część stanowią czarne ziemie i mady. Wzniesienia Górowskie to otoczony obniżeniami cokół morenowy, z kulminacją Góry Zamkowej (216 m n.p.m.). Deniwelacje przekraczają tu 100 m. Jest to teren mocno pofałdowany, w znacznej części zalesiony i poprzecinany licznymi strumieniami płynącymi w dolinach między wzniesieniami. Największym z cieków jest biorąca tu swój początek Wałsza. Obszar ten jest w znacznej części zalesiony, jest tu także kilka jezior, z których największe to Jezioro Głębockie. W lasach na terenie Wniesień Górowskich znajduje się kilkanaście stawów.
Zachodnia część obszaru jest położona już na terenie Pobrzeża Gdańskiego i obejmuje niewielki fragment mezoregionu Nizina Warmińska, o charakterze przypominającym Nizinę Sępopolską i niewielkiej wysokości nad poziomem morza. Nie ma tu jezior, a największymi ciekami w tej części obszaru są rzeka Banówka i Omaza.
Klimat tej części Polski zachowuje swą odrębność w stosunku do pozostałych części kraju. Średnia roczna temperatura na tym terenie wynosi 7 stopni C i jest o 2-3 stopnie niższa od temperatur w pozostałych częściach kraju. Sumy opadów wynoszą ok. 600 mm rocznie. Lasy pokrywają łącznie ok. 25% powierzchni ostoi. W większości są to dobrze zachowane fragmenty grądów, z partiami starodrzewu z ponad 100 letnim drzewostanem. Wzdłuż drobnych cieków ciągną się, lasy łęgowe olszowe lub olszowo-jesionowe z dobrze zachowaną strukturą gatunkową. Na uwagę zasługują też kompleksy leśne borów i brzezin bagiennych, a także liczne torfowiska wysokie stanowiące cenne siedliska chronionych (w skali kraju) gatunków roślin. Pomimo niewielkiej liczby jezior w ostoi jest bardzo wiele śródpolnych i śródleśnych mokradeł, sprzyjających różnorodności biologicznej. Obszar ten ma niewielką gęstość zaludnienia i stale się wyludnia. W jego granicach znajduje się tylko jedno nieduże miasto – Sępopol, na obrzeżach ostoi zaś leżą dwa inne miasta: Bartoszyce i Górowo Iławeckie. Niespełna 10-15 lat temu w tym regionie kraju na większości terenów uprawnych funkcjonowały PGRy. Pozostała część była zagospodarowana przez niewielkie indywidualne gospodarstwa rolne o powierzchni poniżej 10-15 ha. Po rozpadzie PGRów, na objętych przez nie terenach utworzyły się odłogi, będące w pierwszych kilku latach atrakcyjnymi Żerowiskami dla bocianów. Obecnie na części tych terenów (zwłaszcza na Nizinie Sępopolskiej) zaczęły powstawać wielkopowierzchniowe gospodarstwa rolne, nastawione na jeden rodzaj produkcji. Powoduje to powstanie monokultur o dużych powierzchniach. Część odłogowanych obszarów porolnych przejęły Lasy Państwowe, prowadząc na tych terenach zakrojoną na szeroką skalę akcję zalesień, szczególnie na obszarach przyległych do granicy państwowej. W rezultacie, w wielu rejonach o niegdyś otwartym lub mozaikowym krajobrazie powstają monokultury rolne lub leśne, co prowadzi do zagłady niektórych cennych siedlisk, a w konsekwencji do zmniejszenia różnorodności krajobrazowej i gatunkowej tych terenów.
"Ostoja Warmińska" została zaproponowana jako obszar Natura 2000 przede wszystkim dla ochrony jednego gatunku - bociana białego, który osiąga tu największą liczebność i największe zagęszczenie w kraju. Jest to jednak również bardzo ważna ostoja dla wielu innych gatunków ptaków, występują tu bowiem aż 93 gatunki ptaków waloryzujące obszary Natura 2000 (w tym 81 gatunków lęgowych i prawdopodobnie lęgowych). Jest wśród nich 38 gatunków z załącznika I Dyrektywy Ptasiej i 15 gatunków z polskiej czerwonej księgi zwierząt.
Za najcenniejsze walory awifaunistyczne "Ostoi Warmińskiej" należy uznać:
- najliczniejszą w Polsce lokalną populację bociana białego występującego w liczbie ok. 1000 par, w
najwyższym w kraju zagęszczeniu 71 par na 100 km2,
- liczną populację lęgową dwu innych rzadkich w kraju gatunków - orlika krzykliwego i żurawia,
- potwierdzone gniazdowanie dwu skrajnie nielicznych w kraju gatunków: gadożera i łabędzia krzykliwego,
- gniazdowanie innych nielicznych w kraju gatunków: bąka, bociana czarnego, gągoła, bielika, błotniaka łąkowego, puchacza, zielonki, dzięcioła białogrzbietego i wąsatki,
- możliwe gniazdowanie skrajnie nielicznego w kraju orlika grubodziobego,
- możliwe gniazdowanie kolejnych bardzo rzadkich gatunków: podgorzałki, gęgawy, kani rudej, kani czarnej, rybołowa, kropiatki, puszczyka uralskiego, włochatki, kulika wielkiego, rybitwy białoskrzydłej, dzięcioła trójpalczastego i dzięcioła białoszyjego,
- gniazdowanie lokalnie rzadkich gatunków jak: zausznik, rycyk i dudek,
- dość liczną populację lęgową takich gatunków waloryzujących jak derkacz, przepiórka i gąsiorek.

Dane zaktualizowano w 2009 r.

Ostoja znajduje się w północno - wschodniej Polsce i od północy graniczy z Obwodem Kalingradzki. Na południowych obrzeżach ostoi znajduje się kilka większych miejscowości: Górowo Iławeckie, Bartoszyce i Węgorzewo. W obrębie ostoi jedyne duże miasto to Sępopol. Najlepiej dotrzeć tam komunikacją PKS: do Bartoszyc i Węgorzowa - z Olsztyna, Warszawy i Gdańska, natomiast do Górowa Iławeckiego - z Olsztyna. Najbliższe stacje PKP znajdują się w Pieniężnie i Korszach. Na nocleg można zatrzymać się: w Węgorzewie - w jednym z wielu pensjonatów, pokojów gościnnych i hoteli, w Bartoszycach - w jednym z kilku hoteli lub kwater prywatnych. W miejscowościach tych jest również wiele barów i restauracji. Na terenie ostoi i w jej okolicach znajduje się również wiele gospodarstw agroturystycznych m.in. w Górowie Iławieckim, Żywkowie, Nowej Wsi Iławieckiej, Pareżkach. Głównymi atrakcjami turystycznymi tego terenu są zamki m.in.: zamek biskupów warmińskich w Lidzbarku Warmińskim, zamek gotycki w Barchanach oraz zamek krzyżacki w Węgorzewie. Na terenie ostoi i w okolicach znajduje się wiele szlaków pieszych i rowerowych. Do Węgorzowa warto się wybrać na Międzynarodowy Jarmark Folkloru lub Międzynarodowy Festiwal Dziecięcych Zespołów Folklorystycznych Mniejszości Narodowych. Punkty Informacji Turystycznej znajdują się w Górowie Iławieckim, Wegorzewie i Bartoszycach.

Głównym zagrożeniem dla ostoi jest zaniechanie ekstensywnego rolnictwa i porzucenia rolniczego użytkowania ziemi. Prowadzi to do sukcesji roślinności i zaniku miejsc żerowania bocianów. Z drugiej strony równie niebezpieczny jest rozwój intensywnego rolnictwa, który powoduje utratę wielu siedlisk, zwłaszcza podmokłych i powstanie na dużych powierzchniach terenu monokultur.
Inne zagrożenia to: zalesienia prowadzone przez Lasy Państwowe, zręby zupełne, osuszanie terenów lasów bagiennych i mokradeł.

Park Krajobrazowy Puszczy Rominckiej, 19-505 Żytkiejmy, ul. Szkolna 1,

Regionalna Dyrekcja Lasów Pańśtwowych w Olsztynie, 10-959 Olsztyn, ul. Kościuszki 46/48,

Punkt Informacyjny PTOP w Żywkowie

Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Olsztynie, Al. Marsz. J. Piłsudskiego 7/9; 10-575 Olsztyn; tel. (089) 52 32 378; fax. (089) 52 32 405; e-mail: wkp@uw.olsztyn.pl; http://www.olsztyn.rdos.gov.pl

Wojewódzkie Centrum Informacji Turystycznej; ul. Staromiejska 1, 10-017 Olsztyn , tel.: (089) 53 53 566 , fax: (089) 53 53 566

Urząd Marszałkowski Województwa Warmińsko-Mazurskiego, Departament Turystyki; 10-562 Olsztyn, ul. Emilii Plater 1, tel.: (089) 52 19 450; fax.: (089) 53 53 566; e-mail: dt@warmia.mazury.pl

Warmińsko-Mazurska Regionalna Organizacja Turystyczna, ul. Staromiejska 1, Olsztyn, tel.: (089) 53 53 565, 53 53 567, fax.: (89) 53 53 566, e-mail: wcit@warmia.mazury.pl, strona internetowa: http://www.warmia-mazury-rot.pl