Obszar został uznany za warty włączenia go do Europejskiej sieci Natura 2000 ze względu na występowanie dwóch gatunków umieszczonych w Załączniku II Dyrektywy Siedliskowej. Jest to rzadki przypadek kolonii rozrodczej podkowca małego w obiekcie podziemnym (w tym wypadku jest to piwnica). Nazwa pochodzi natomiast od miejscowości Czerna (znajdującej się na północ od Krzeszowic). Nietoperze schronienie znalazły w pochodzącym z XVII w. klasztorze. Przy klasztorze znajduje się ponadto aleja zabytkowych drzew.
Podkowiec mały to nietoperz należący do rzadko reprezentowanej w naszym kraju rodziny podkowcowatych (jedyny z przedstawicieli tej rodziny stale u nas występujący), jest jednocześnie jednym z najmniejszych nietoperzy występujących w Polsce (oraz najmniejszym europejskim podkowcem). Jego futerko na grzbiecie ma kolor jasnobrązowy, na stronie brzusznej natomiast jaśniejsze (szarawe), szpiczaste uszy i pyszczek są jasne. Cechą charakterystyczną (od której pochodzi nazwa rodzajowa podkowców) jest narośl w kształcie podkowy wokół nozdrzy.
W Polsce zarejestrowano jedynie kilkadziesiąt stanowisk podkowca małego.
Nietoperze należące do tej rodziny odróżnia sposób wydawania ultradźwięków. Ultradźwięki wydają one przez nos, co sprawia, że ta część ich ciała przyjmuje charakterystyczny wygląd. Podczas snu i odpoczynku nietoperze te otulają ciało skrzydłami tak szczelnie, że na zewnątrz mogą wystawać mu tylko wąsy (jest to cecha charakterystyczna dla podkowcowatych – sporadycznie niektóre osobniki gacka i nocka dużego mogą również w trakcie hibernacji owijać ciało skrzydłami, jednak zakrywają błonami jedynie brzuszną część ciała).
W odróżnieniu od pozostałych polskich nietoperzy, odpoczywających przyciśnięte do podłoża (lub wzajemnie do siebie), nietoperze te śpią podwieszone do stropu lub na występach ścian, zazwyczaj w pewnej odległości od siebie (za wyjątkiem okresu, gdy samice skupiają się w ciasne grupy podczas przychodzenia na świat młodych). Nietoperze te jednak nigdy nie wciskają się w szczeliny.
Siedliskiem tych ssaków są głównie tereny skaliste i leśne. Pożywienie stanowią dla nich głównie drobne owady i pająki. Żerują wśród zarośli, często blisko zbiorników wodnych chwytając pożywnie podczas lotu, lub zbierając pokarm z pni drzew lub powierzchni skał.
Gatunek ten chroniony jest zarówno prawem krajowym jak i konwencjami międzynarodowymi: Konwencją Berneńską, Bońską, Dyrektywą Siedliskową. Umieszczony został on ponadto w czerwonej księdze zwierząt jako gatunek o statusie zagrożony oraz na czerwonej liście IUCN – kat. VU (ang. vulnerable - narażony)

Dane uaktualniono w 2009 roku.

Eliaszówka jest wsią znajdującą się w gminie Krzeszowice, powiecie krakowskim, województwie małopolskim. Na północ od zabudowań wsi położona jest Dolina Eliaszówki, gdzie znajduje się pochodzący z 1631 r. zespół klasztorny w Czernej oraz rezerwat przyrody. Zespół klasztorny Karmelitów Bosych, w którego murach schronienie znalazł podkowiec mały, pochodzi z XVII w. Ufundowany został przez Agnieszkę Firlejową z Tenczyńskich. Klasztor położony jest wśród lasu na prawym zboczu doliny Eliszówki. Przy klasztorze znajduje się stara aleja bukowa (będąca pomnikiem przyrody). Dostęp do klasztoru stanowił pierwotnie kamienny, składający się z 13 przęseł most, zwany Diabelskim Mostem. Obecnie most nie pełni swojej pierwotnej funkcji, stanowi bowiem jedynie przypominającą rzymskie akwedukty malowniczą ruinę (most pochodzi z XVII w.).
Dolina Eliaszówki jest w całości zalesiona, a jej zbocza zbudowane są z wapienia (pochodzącego z karbonu). Mając na celu ochronę zespołu buczyny karpackiej i ciepłolubnej, lasu grądowego i łęgu olszowo-jesionowego oraz skał wapiennych utworzono w 1989 r. między Czerną i Paczółtowicami rezerwat częściowy. Najbardziej interesującą częścią doliny jest fragment położony pomiędzy Czatkowicami i Czerną. Dolina ma w tym miejscu charakter jaru (tutaj też znajduje się Diabelski Most). U wylotu doliny znajduje się działający do tej pory, jednak już w stanie likwidacji, kilkupoziomowy kamieniołom wapienia „Czatkowice” Sp. z o.o., który jest jednym z miejsc które warto zobaczyć będąc w okolicach. Do miejsc wartych zobaczenia należą ponadto znajdujące się na Bartlowej Górze (zlokalizowanej na zachód od wsi) pozostałości grodziska „szwedzkie okopy”. Biegnie tędy także utworzony w XVII w. przez Szwedów trakt do Nowej Góry (tzw. „Szwedzka Droga”).
Na wschód od wsi wzdłuż torów dojazdowych do kamieniołomu znajdują się liczne źródła w tym: źródło Chuderskiego, źródło Wróbla, źródło Nowe czy też źródła Teofili. Dawniej woda z miejscowych źródeł zasilała nawet Pałac Potockich w Krzeszowicach.
Dla miłośników pieszych i rowerowych wycieczek stworzony został żółty Szlak Dolinek Jurajskich, czerwony Szlak Orlich Gniazd oraz okrężny szlak rowerowy.

Potencjalne likwidowanie szczelin i zakamarków, niszczące siedlisko nietoperzy.