Ponad połowę obszaru pokrywają siedliska rolnicze, pozostałą część lasy (głównie iglaste) i obszary wód, w śladowej ilości łąki i zarośla.
Dolina Rospudy położona jest na Pojezierzu Zachodniosuwalskim, w części Pojezierza Litewskiego graniczącej z Pojezierzem Mazurskim. Pod względem administracyjnym Dolina Górnej Rospudy leży na obszarze trzech gmin: Filipów, Bakałarzewo i Raczki powiatu suwalskiego w woj. podlaskim. Obszar obejmuje górny odcinek doliny rzeki Rospuda, o bardzo dużych walorach przyrodniczych i krajobrazowych, rozciągający się od granicy z województwem warmińsko-mazurskim (źródło) po miejscowość Raczki. Dolina rzeki na całym odcinku ma charakter naturalny. W górnym biegu Rospuda płynie wąskim, krętym korytem z licznymi meandrami, a jej nurt w wielu miejscach przegradzają przewrócone drzewa. Rospuda swoim charakterem przypomina tu rzekę górską o wartkim, szybkim nurcie, kamienistym dnie oraz o wysokich i stromych zboczach doliny. Rzeka przepływa przez szereg (13) jezior typu rynnowego. Brzegi tych jezior, tak jak i zbocza doliny rzeki, pokryte są głównie borami mieszanymi, łęgami i grądami, a także zbiorowiskami nieleśnymi: murawami, łąkami i pastwiskami.
Rzeka Rospuda płynie glacjofluwialną (powstałą przez działalność wód lodowcowych), rynnową doliną wcinającą się głęboko w utwory sandrowe, tworzone przez drobno- i średnoziarniste piaski. Powierzchnię sandru pokrywa miejscami cienka warstwa glin zwałowych lub grubego materiału żwirowego, której obecność interpretowana jest jako ślad oscylacji brzeżnych - krótkotrwałych nasunięć lodowca skandynawskiego na usypany wcześniej sandr. Strome zbocza doliny są w wielu miejscach bardzo silnie porozcinane erozyjnie w wyniku działalności spływających wód deszczowych i roztopowych. Współcześnie mikrorzeźba zboczy kształtowana jest gdzieniegdzie w warunkach wypasu i wydeptywania przez bydło, co przyczynia się do powstania charakterystycznego, schodkowatego ukształtowania powierzchni stoku.
Młodoglacjalny charakter rzeźby terenu i duża różnorodność siedliskowa, obecność licznych jezior rynnowych i innych typów zbiorników wodnych, a także różnego typu torfowisk wpływają na wysokie walory przyrodnicze i krajobrazowe całego obszaru. Rzeka Rospuda niemal na całej swej długości w granicach obszaru reprezentuje siedlisko przyrodnicze "nizinne i górskie rzeki ze zbiorowiskami włosieniczników". Charakterystyczną cechą tego siedliska w północno-wschodniej Polsce, dobrze wyrażoną na terenie ostoi, jest dominacja rdestnicy nawodnej przy mniejszym udziale włosieniczników, chociaż główny gatunek charakteryzujący siedlisko, włosienicznik rzeczny, również w Rospudzie występuje. Bardzo liczną populację w wodach ostoi tworzą grzybienie północne, gatunek uznany za zagrożony wyginięciem w Polsce. Wody doliny Rospudy to także siedliska dziesięciu gatunków płazów, w tym kumaka nizinnego i traszki grzebieniastej. Występują tu także dwa gatunki ryb wymienione w Załączniku do Dyrektywy Siedliskowej - piskorz i różanka. W dolinie Rospudy dużą populację tworzy bóbr, dość częsta jest także wydra.
W granicach obszaru znajduje się trzynaście jezior: Rospuda, Wysokie, Kamienne, Rospuda-Filipowskie, Długie, Garbaś, Głębokie, Gatne, Siekierewo, Sumowo, Karasiewek, Okrągłe, Bolesty. Duże powierzchnie w obrębie ostoi zajmują mezo- i eutroficzne jeziora, reprezentujące typowo wykształcone siedlisko 3150-1. Ich brzegi i wody tylko w niektórych miejscach poddawane są niekorzystnym oddziaływaniom związanym z rozwojem zabudowy rekreacyjnej oraz ze spływem zanieczyszczeń związanych z gospodarką rolną lub pochodzących z terenów zabudowanych. Potencjalnie niektóre z jezior obszaru mogą stanowić siedlisko łąk ramienicowych, ale ich występowanie, zróżnicowanie i stan w granicach ostoi wymaga dalszych badań. Kilka dystroficznych zbiorników wodnych (3160) zajmuje niewielką powierzchnię i występuje w rozproszeniu w granicach ostoi.
Zagłębienia bezodpływowe wypełniają torfowiska przejściowe (7140-1), a także torfowiska wysokie, nieleśne (7110-1, 7120) lub z sosnowymi borami bagiennymi (91D0-2). W szerszych partiach doliny wykształcają się alkaliczne torfowiska przepływowe z mechowiskami i zbiorowiskami mszysto-turzycowymi, reprezentujące podtyp 7230-3. Najważniejsze z nich to Bagno Parchacz w okolicach wsi Kamionka Stara i jeziora Okrągłe. Występują tu dwa gatunki roślin, wymienione w II Załączniku Dyrektywy Siedliskowej - sierpowiec błyszczący i lipiennik Loesella. Na Bagnie Parchacz, a także w innych częściach ostoi niewielkie stosunkowo powierzchnie zajmują różne postaci sosnowo-brzozowego lasu bagiennego (91D0-6). Nieznaczny udział powierzchniowy w Dolinie Górnej Rospudy mają również borealne świerczyny torfowcowe (91D0-5), których płaty reprezentują siedliska leśne bodaj w najmniejszym stopniu przekształcone przez człowieka na tym obszarze. Większość lasów w granicach ostoi zajmuje umiarkowanie żyzne siedliska borów mieszanych i lasów mieszanych i cechuje się stosunkowo młodymi drzewostanami zdominowanym przez sosnę i świerka. Występują tu także grądy reprezentujące siedlisko 9170. Wysokimi walorami przyrodniczymi wyróżniają się płaty grądów zboczowych (9170-3), spotykane na stokach doliny oraz łęgi źródliskowe (91E0-4), wykształcające się u ich podnóży. Przy źródliskach tym ostatnim towarzyszą niekiedy ziołorośla (6430-3) z lepiężnikiem. Na okrajkach lasów występuje kolejny gatunek z Załącznika II - rzepik szczeciniasty.
Murawy kserotermiczne (6210-3), jak wszędzie w Polsce północno-wschodniej, występują tu w zubożałej postaci ze względu na suboptymalne warunki klimatyczne. To siedliska o antropogenicznym charakterze, wykształcone na zboczach doliny o ekspozycji południowo-zachodniej w warunkach ekstensywnego wypasu, który, co zasługuje na podkreślenie, do dziś jest utrzymywany. Dzięki wypasowi zbiorowiska murawowe mają, w odróżnieniu od wielu innych regionów Polski, stabilny charakter, a ich perspektywy ochrony są doskonałe. Szczególnie bogate florystycznie płaty muraw znajdują się w okolicach Filipowa, Raczek, Szafranek i Kamionki Starej pod Bakałarzewem. W ich składzie gatunkowym występują m.in. gęsiówka szorstkowłosista, ostrołódka kosmata, tymotka, zawilec wilekokwiatowy oraz pięciornik siedmiolistkowy, osiągający tu północno-wschodni kres swojego zasięgu w Europie. Na skrajach zadrzewień sosnowych towarzyszących murawom rośnie leniec bezpodkwiatkowy.
W okolicy Bakałarzewa znajdują się bunkry z okresu II wojny światowej, będące miejscem bytowania nietoperzy, jednak skład gatunkowy chiropterofauny nie był przedmiotem badań. Brak również danych o zróżnicowaniu i bogactwie gatunkowym fauny ptaków na tym obszarze.
Dolina Górnej Rospudy cechuje się bardzo dużą różnorodnością siedlisk (14 typów siedlisk Natura 2000, reprezentowanych w niektórych przypadkach przez kilka podtypów), tak wodnych i mokradłowych, jak i leśnych, a także zajmowanych przez zbiorowiska trawiaste. Najwyższy walor przyrodniczy mają siedliska wodne, torfowiska nieleśne, w tym soligeniczne, lasy i bory bagienne oraz murawy kserotermiczne.
Występują tu stabilne populacje czterech gatunków roślin oraz po dwóch gatunków ryb, płazów i ssaków wymienionych w II Załączniku do Dyrektywy Siedliskowej. Dolina Górnej Rospudy jest także ostoją 14 gatunków uwzględnionych na Czerwonej Liście Roślin i Grzybów Polski (Mirek i in. 2006) i/lub w Polskiej Czerwonej Księdze Roślin (Kaźmieraczakowa, Zarzycki 2001), a także 33 gatunków objętych ochroną ścisłą w Polsce lub zagrożonych wyginięciem w regionie północno-wschodnim. Dla lipiennika i sierpowca, obszar jest jedynym terenem występowania w zachodniej części Suwalszczyzny.
Stabilne stosunki wodne, a także warunki funkcjonowania siedlisk oraz populacji roślin i zwierząt, związane m.in. z ekstensywnym użytkowaniem siedlisk antropogenicznych, zapewniają doskonałe perspektywy ich ochrony, Obszar pełni też funkcje korytarza ekologicznego i refugium gatunków związanych z lasami liściastymi i z torfowiskami w
rolniczym krajobrazie Pojezierza Zachodniosuwalskiego.

Dane wprowadzono w 2009 roku.

Rospuda to wspaniałe miejsce dla miłośników rzeczek i jezior. Bierze swój początek ze strumieni wypływających ze zboczy wzniesień leżących na południe od Puszczy Rominckiej, na południowy wschód od Gołdapi (Przejmowa Góra – 213,4 m, Jastrzębia Góra – 230,8 m, Słupowa Góra – 247,9 m, Lisia Góra – 259,5 m)[1][2]. Właściwa rzeka wypływa dopiero z Jeziora Czarnego. Dalej przepływa w kierunku południowym i południowo-wschodnim przez łańcuch 9 wąskich, polodowcowych jezior: Rospuda Filipowska, Kamienne, Długie, Garbaś, Głębokie, Sumowo, Okrągłe, Bolesty i Rospuda Augustowska, do którego uchodzi.
Rospudą prowadzi mało uczęszczany szlak kajakowy o długości 67 km, malowniczy, choć miejscami uciążliwy. Gwałtowne zakręty, kamieniste mielizny, głazy, paliki powbijane w dno rzeki czy zwalone drzewa wymagają uwagi, refleksu i doświadczenia w radzeniu sobie z przeszkodami. W dolnym biegu z kolei nużyć może monotonny krajobraz – rzeka wije się pośród ścian trzcinowisk, zasłaniających widoczność obu brzegów. Na całej trasie są dogodne miejsca do biwakowania.
Dawniej, w zależności od odcinka, rzeka zwana była Rowspudą, Dowspudą (tę nazwę wymienia akt erekcyjny kościoła w Raczkach z 1599 r.), Filipówką (pod Filipowem) lub Kamienną. Wg prof. Knuta Olofa Falka wcześniejsza nazwa rzeki i jeziora – Dowspuda – pochodzi od złożonego jaćwieskiego słowa Dau-sp?da, które oznaczało "naciskanie, mocne ciśnienie". Wzięło się to jakoby stąd, że rzeka na wiosnę podnosi swój poziom prawie o metr, co powoduje wtłaczanie wód z powrotem do jej dopływów i odwracanie kierunku ich nurtu. Zjawisko to można obserwować na rzeczce Jałówce (łączącej Rospudę z jeziorem Jałowo) oraz na Klonownicy, łączącej jeziora Rospuda Augustowska i Necko z jeziorem Białym.
Tereny, przez które płynie Rospuda, były niegdyś częścią Jaćwieży. Pamiątką po pogańskich czasach jest uroczysko Święte Miejsce, starodawne miejsce kultu. Od XV w. Rospuda stanowiła granicę między Litwą a ziemiami Prusów.
We wsi Dowspuda na południe od Raczek, na wysokim brzegu zachowały się malownicze ruiny neogotyckiego pałacu Paca. Właściciel pałacu, Ludwik Michał Pac, w 1824 roku zlecił wykonanie na 3-kilometrowym odcinku rzeki między Raczkami, Dowspudą i nieco poniżej 12 kamiennych progów, które tworząc wodospady miały upiększać okolicę. Tamy, podobnie jak pałac, zostały później rozebrane, a obecnie jedynym śladem po nich są kamieniste mielizny.
W dolnym biegu Rospudy za wsią Szczebra, na skraju polanki z widokiem na dolinę rzeki, w lipcu 1972 roku kręcono jedną ze scen filmu telewizyjnego „Czarne chmury”.
Podlaska Regionalna Organizacja Turystyczna mieści się przy ul. Malmeda 6 w Białymstoku. Lokalne Organizacje Turystyczne znajdują się w Augustowie, Suwałkach, Zawadach. Można także nawiązać kontakt z lokalnymi grupami działania, m.in. w Suwałkach ("Nasza Suwalszczyzna"), Dąbrowie Białostockiej (Fundacja Biebrzańska), Hajnówce (Lokalna Grupa Działania "Puszcza Białowieska"), Małym Płocku ("Kraina Mlekiem Płynąca"), Łapach (Stowarzyszenie N.A.R.E.W. - Narwiańska Akcja Rozwoju Ekonomicznego Wsi), Drohiczynie (Lokalna Grupa Działania - Tygiel Doliny Bugu), Dobrzyniewie Dużym (Królewski Gościniec Podlasia), Sejnach (Lokalna Grupa Działania "Sejneńszczyzna").

Najważniejsze zagrożenia dla walorów przyrodniczych obszaru to:
- zaprzestanie użytkowania rolnego, przede wszystkim koszenia łąk i mechowisk,
- zarzucanie wypasu zboczy doliny,
- zalesianie użytków zielonych, w tym cennych przyrodniczo muraw kserotermicznych,
- przekształcanie gruntów rolnych na tereny pod zabudowę letniskową,
- intensyfikacja rolnictwa, m.in. podsiewanie i nawożenie łąk oraz intensywny wypas,
- narastająca niekontrolowana presja turystyczna,
- spływ zanieczyszczeń z terenów zabudowanych i z gruntów rolnych do rzek i jezior,
- sukcesja naturalna, przede wszystkim rozwój zarośli i zapustów na torfowiskach nieleśnych,
- ekspansja trzciny na torfowiskach,
- ujednolicanie drzewostanów i niedostosowanie ich składu gatunkowego do warunków siedliskowych przez wprowadzanie monokultur sosnowych na umiarkowanie żyzne siedliska leśne; zachwianie prawidłowej struktury wiekowej drzewostanów związane z eliminacją starodrzewi,
- odwadnianie, zniszczenie lub zachwianie stosunków hydrologicznych w wyniku melioracji.

Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Białymstoku
http://www.rdos.eu, e-mail: biuro@rdos.eu
fax: (85) 74 06 982, tel.: (85) 74 06 981 wew. 10, 74 03 380 wew. 10

Podlaska Regionalna Organizacja Turystyczna
ul. Malmeda 6, Białymstok
tel.: (85) 732 68 31, fax.: (85) 732 68 31
e-mail: podlaskieit@podlaskieit.pl, www: http://www.podlaskie.pl